Il Collegio Sindacale dura in carica tre anni ed è composto da tre membri, di cui uno designato dal Presidente della Regione, uno dal Ministro dell’economia e delle finanze e uno dal Ministro della salute. I componenti del collegio sindacale sono scelti tra gli iscritti nel registro dei revisori contabili istituito presso il Ministero di grazia e giustizia, oppure tra i funzionari del Ministero del tesoro, del bilancio e della programmazione economica che abbiano esercitato per almeno tre anni le funzioni di revisori dei conti o di componenti dei collegi sindacali. Le sue attribuzioni e la sua composizione sono disciplinati dal comma 13 dell’articolo 3 e dall’articolo 3 ter del decreto legislativo n. 502 del 1992, e successive modifiche e integrazioni. Le modalità di funzionamento del collegio sindacale sono specificate dall’atto aziendale, sulla base degli indirizzi normativi Nazionali e Regionali.

Di seguito le modalità di funzionamento del collegio sindacale:

• elezione del presidente del collegio: nella prima seduta il collegio sindacale procede all’elezione tra i propri componenti del presidente, che provvede alle successive convocazioni. Nel caso di cessazione del presidente dalle proprie funzioni, le convocazioni sono effettuate dal membro più anziano di età fino alla nomina del nuovo presidente;
• cessazione dall’incarico dei componenti il collegio: i singoli componenti del collegio sindacale cessano dall’incarico per decorrenza dei termini, per dimissioni e per decadenza dichiarata dal direttore generale, a causa del sopravvenire di alcuna delle condizioni ostative o delle situazioni di incompatibilità previste dalla normativa vigente, ovvero della mancata partecipazione, senza giustificato motivo, ad almeno tre sedute del collegio o dell’assenza, ancorché giustificata, protratta per oltre sei mesi. In tali casi, il direttore generale procede alla sostituzione del componente del collegio sindacale cessato dall’incarico, previa acquisizione della designazione da parte dell’organo competente. Qualora si verifichi la mancanza di due o più componenti, il direttore generale procede alla ricostituzione dell’intero collegio;
• adunanze del collegio: le adunanze del collegio sono valide quando è presente la maggioranza dei componenti;
• verbalizzazione delle attività del collegio: il collegio tiene un libro delle adunanze e delle deliberazioni in cui verbalizza lo svolgimento di ogni seduta, annotando i controlli eseguiti e registrando i risultati delle verifiche e degli accertamenti compiuti. I verbali di ogni seduta sono sottoscritti dai componenti del collegio presenti e sono conservati negli atti del medesimo senza obbligo di trasmissione alla Regione;
• poteri di controllo: i componenti del collegio sindacale possono procedere, anche individualmente, ad atti di ispezione e controllo i cui risultati devono essere comunque sottoposti all’organo collegiale per l’assunzione delle conseguenti determinazioni;
• controlli a campione: nell’ambito delle proprie funzioni di controllo sugli atti dell’azienda sanitaria, il collegio può eseguire controlli a campione. A tale fine definisce, preventivamente e periodicamente, dandone atto nel libro delle adunanze, i criteri di campionamento che intende adottare, definiti su base oggettiva e casuale; il collegio deve indicare le indagini a campione eseguite, i criteri applicati e i risultati conseguiti anche nella relazione trimestrale;  invio atti al collegio: tutti gli atti adottati dal direttore generale o su delega del medesimo, ad eccezione di quelli conseguenti ad atti già esecutivi, sono trasmessi al collegio sindacale entro dieci giorni dalla loro adozione;
• esame degli atti: il collegio, entro il termine perentorio di quindici giorni dal ricevimento, formula e trasmette gli eventuali rilievi sull’atto ricevuto; se il direttore ritiene di adeguarsi ai rilievi trasmessi, entro il termine di dieci giorni, adotta i provvedimenti conseguenti, dandone immediata notizia al collegio medesimo; in caso contrario è tenuto comunque a motivare le proprie valutazioni e a comunicarle al collegio;
• esame del bilancio di esercizio: il collegio, entro il termine perentorio di quindici giorni dal ricevimento della deliberazione di approvazione del progetto di bilancio, redige la relazione sul bilancio;
• certificazioni relative agli adempimenti previsti a carico della direzione aziendale: il collegio dispone le certificazioni sulla correttezza degli atti predisposti dalla direzione aziendale relativamente agli adempimenti richiesti dalla vigente normativa, ivi comprese le Intese tra lo Stato e le Regioni, con particolare riferimento agli atti relativi al personale.